在某些情况下，蛋白质染色的影响可能会干扰后续分析。例如，当需要酶活性时，考马斯染色；或者当氨基酸的共价修饰会产生虚假结果时，在氨基酸分析之前进行银染色。在这些情况下，通常使用“导向带"。引导条是与待分析泳道平行的泳道，包含尺寸标记或重复样品。凝胶运行后，将导带剪下并染色，然后与凝胶重新对齐并用作模板来引导条带切除。该技术很简单。常见的错误是染色后未能用电泳缓冲液重新平衡凝胶。由于许多污渍会导致凝胶收缩或膨胀，重新平衡对于准确和一致的重新调整是必要的。

在引导带技术中，平行泳道被切除并染色以引导带切除。